Помимо своей плановой образовательной деятельности(организации лекций, передвижных выставок, проведения встреч с художниками, другими творческими лицами, мастер-классов), музей дополнительно осуществляет и более крупномасштабные проекты.

Музей на колесах

В 2003-2004-2005 учебный годах Госмузей искусств Республики Каракалпакстан им. И. В. Савицкого реализовывал проект Британского Совета «Музей на колесах».Работа по проекту предусматривала организацию передвижных выставок в общеобразовательных школах, отдаленных от центра районах Каракалпакстана, проведение лекционной работы с учениками средних - старших классов. За 2 учебных года свыше 30000 учащихся школ из 7 районов региона познакомились с народно-прикладным искусством каракалпаков, с произведениями каракалпакских художников разных поколений. Около 4000 учащихся прослушали лекции на различные темы, а также посетили столичный музей.

Юный искусствовед

Реализация образовательного проекта «Юный искусствовед» приходится на 2003-2004 и 2004-2005 учебные годы и осуществлялась при финансовой поддержке Британского Совета. 40 учеников старших классов г. Нукуса знакомились в клубе с историей мирового искусства: от античного до современных видов искусства. Живым общением с историей можно назвать изучение коллекции Госмузея искусств РК им. И. В. Савицкого, памятников Древнего Хорезма. В рамках занятий были представлены все профессии музейного дела, самими ребятами была организованы выставки в стенах музея.

Возрождение народных ремесел

В 1998-1999 годах музей реализует проект «Возрождение народных ремесел». За время проекта работали 5 ремесленных мастерских: по обучению национальной каракалпакской вышивке, резьбе по дереву, изготовлению национальных каракалпакских музыкальных инструментов, ковроткачеству и изготовлению каракалпакской юрты. В процессе проекта было обучено 20 участников. Была изготовлена юрта, которая ныне находится в экспозиции музея.

С 2000 года по проекту Ассоциации «Культурное наследие» «Возрождение ковроткачества» в г. Нукусе действовал экспериментальный ковровый цех, где по эскизам художницы А. Шпаде на мотивы каракалпакских орнаментов выпускались 22 вида ковровых изделий. Подобные цеха действовали в Шуманайском и Кегейлийском районах.