Помимо своей плановой образовательной деятельности (организации лекций, передвижных выставок, проведения встреч с художниками, другими творческими лицами, мастер-классов), музей дополнительно осуществляет и более крупномасштабные проекты.
В 2003-2004-2005 учебный годах Госмузей искусств Республики Каракалпакстан им. И. В. Савицкого реализовывал проект Британского Совета «Музей на колесах». В 2008 году проект поддерживался со стороны Швейцарского Бюро по Сотрудничеству. Работа по проекту предусматривала организацию передвижных выставок в общеобразовательных школах, отдаленных от центра районах Каракалпакстана, проведение лекционной работы с учениками средних - старших классов. За 2 учебных года свыше 30000 учащихся школ из 7 районов региона познакомились с народно-прикладным искусством каракалпаков, с произведениями каракалпакских художников разных поколений. Около 4000 учащихся прослушали лекции на различные темы, а также посетили столичный музей.
С начала 2010 года проект «Музей на колесах» продолжил свою работу при поддержке ЮНЕСКО и Швейцарского Бюро по Сотрудничеству в отдаленных сельских школах и в летних лагерях Каракалпакстана. В рамках проекта за прошедший период проведены лекции, передвижные выставки и викторины, организованы поездки по древним памятникам и посещение музея детьми. Победители викторин награждены призами. Проект пользуется большой популярностью. За 7 лет его существования десятки тысяч детей было вовлечено в его деятельность.
С сентября 2011 года при финансовой поддержке ОО «Лаборатория общественного развития» Казахстан, Караганда, проект «Музей на колесах» существующий при Гос.музее искусств им.И.В.Савицкого получил новое дыхание.
В данном проекте использована идея, предложенная куратором Центра современной культуры Дешт-и-Арт – САФАРОВОЙ ГУЛЬДАНОЙ. Проект разработан для интерактивной работы с детьми в регионах республики Каракалпакстан, в котором в течение трех месяцев два сотрудника музея возят по сельским школам несколько экспонатов народно-прикладного искусства каракалпаков и проводят интерактивные занятия, связанные с изучением народно-прикладного искусства каракалпаков и традиционных каракалпакских орнаментов.
Школьникам показывают графические копии фрагментов узоров с орнаментами животных и растений в различных контекстах, и они пробуют самостоятельно расшифровать значения остальных орнаментов, составить в уме рассказ или сказку и изобразить в виде рисунков. А затем, просматривая сами экспонаты, детям дается возможность отыскать в узорах орнаменты, обозначающие указанные выше объекты.
Наша задача - дать им возможность включить воображение, раскрепостить интеллект. Мы рассчитываем пробудить в детях желание посетить музей, изучать искусство, заниматься искусством. Расчет делается и на то, что молодое поколение каракалпаков будет заботиться о том, чтобы окончательно не утратить народные традиции, сформировать понимание значения народного искусства и отдельных элементов, составляющих это искусство.
Реализация образовательного проекта «Юный искусствовед» приходится на 2003-2004 и 2004-2005 учебные годы и осуществлялась при финансовой поддержке Британского Совета. 40 учеников старших классов г. Нукуса знакомились в клубе с историей мирового искусства: от античного до современных видов искусства. Живым общением с историей можно назвать изучение коллекции Госмузея искусств РК им. И. В. Савицкого, памятников Древнего Хорезма. В рамках занятий были представлены все профессии музейного дела, самими ребятами была организованы выставки в стенах музея.
В 1998-1999 годах музей реализует проект «Возрождение народных ремесел». За время проекта работали 5 ремесленных мастерских: по обучению национальной каракалпакской вышивке, резьбе по дереву, изготовлению национальных каракалпакских музыкальных инструментов, ковроткачеству и изготовлению каракалпакской юрты. В процессе проекта было обучено 20 участников. Была изготовлена юрта, которая ныне находится в экспозиции музея.
С 2000 года по проекту Ассоциации «Культурное наследие» «Возрождение ковроткачества» в г. Нукусе действовал экспериментальный ковровый цех, где по эскизам художницы А. Шпаде на мотивы каракалпакских орнаментов выпускались 22 вида ковровых изделий. Подобные цеха действовали в Шуманайском и Кегейлийском районах.